噪声是信号处理中不可避免的问题，它会对信号的质量和可靠性产生影响。在使用傅里叶变换处理噪声时，通常的做法是将受到噪声干扰的时域信号进行傅里叶变换，得到频域表示。在频域中，我们可以观察信号和噪声在频率上的分布情况，进而选择合适的滤波器进行滤波操作。

常见的滤波器包括低通滤波器、高通滤波器和带阻/带通滤波器，它们可以通过在频域中剔除或者抑制噪声所在的频率成分，从而实现对噪声的去除或者减弱。通过对频域表示进行滤波操作，然后再对处理后的信号进行逆傅里叶变换，就可以得到抑制了噪声的时域信号。

需要注意的是，在实际应用中，傅里叶变换处理噪声时可能会存在一些问题。例如，频域滤波可能会引入振铃效应，导致滤波后的信号出现额外的振荡。频域滤波可能会改变信号的相位信息，因此需要权衡好频域滤波对信号的影响，以及滤波效果的实际需求。

除了传统的傅里叶变换方法，还有一些基于傅里叶变换的改进方法，如小波变换、快速傅里叶变换等，它们在一定程度上可以更好地处理信号中的噪声，并且具有更高的计算效率。